En 1998 un grupo de antiguos directivos y ex jugadores del Club se proponen que el club de baloncesto más antiguo de La Rioja reviva y sobrepase los logros conseguidos en la anterior etapa.

En la temporada 1999-2000, el Club Baloncesto Clavijo consiguió el ascenso a Primera División Interautonómica, lo que supone el primer paso firme en sus nuevas aspiraciones.

En la temporada 2000-2001, el Club recuperó el patrocinio de Caja Rioja para competir en Primera División Interautonómica con clubes de otras provincias de la geografía española. Tras la temporada regular, obtuvo una plaza para jugar la fase de ascenso a la Liga EBA.